اسدالله لاجوردی در یکم شهریور سال ۱۳۷۷ در بازار تهران توسط دو نیروی سازمان منافقین به نام‌های علی‌اصغر غضنفرنژادجلودار و علی‌اکبر اکبری‌ده‌بالایی ترور شد. ترور او یکی از سلسله‌ترورهای این سازمان به حساب می‌آید که ابعاد آن نه‌فقط از حیث حذف یک شخصیت مهم سیاسی، بلکه از جهت ایجاد رعب و وحشت اجتماعی و ادامه علنی‌بودن جنایت‌های منافقین بسیار حائز اهمیت بود، زیرا ترور لاجوردی در یک محل معنادار؛ یعنی بازار تهران که یکی از شلوغ‌ترین مکان‌های پایتخت است، انجام شد.
یک بازاری قدیمی که حجره‌اش در دالان کناری حجره لاجوردی قرار داشت روایت خود را از روز ترور به «شرق» این‌گونه می‌گوید:
«مرحوم لاجوردی هر روز با دوچرخه و بدون هیچ محافظی سر کار می‌آمد. ظاهرش با مردم عادی تفاوتی نداشت و اگر کسی او را نمی‌شناخت نمی‌توانست تشخیص دهد که یک مقام مسئولیت‌دار در جمهوری اسلامی به بازار تردد می‌کند. لاجوردی مانند تمام حجره‌داران بازار کار می‌کرد و از ابتدای صبح تا نزدیکی ساعت پنج در حجره‌اش می‌ماند. او در صنف پارچه فعالیت می‌کرد و من در آن زمان در دالان کناری حجره او مغازه کیف و کمربندفروشی داشتم.
به یاد دارم که پنجشنبه‌روزی، سروصدا از دالان بغل آمد و عده‌ای فریاد می‌زدند لاجوردی را زدند. من به همراه همسایه‌ها به سمت مغازه او شتافتیم که دیدیم لاجوردی آغشته به خون است. تروریست‌ها طوری او را مورد اصابت قرار داده بودند که چشمش کاملا برگشته بود و جمجمه‌اش شکافته شده بود. همه شوکه شده بودند و نمی‌دانستند سریع‌ترین راهی که برای نجاتش باید در نظر گرفت چیست، زیرا دالان‌های بازار به‌شدت تنگ است و تردد آمبولانس در بازار سخت و زمان‌بر است. با چنین افکاری به‌سرعت یک گاری پیدا کردیم و بدن نیمه‌جان لاجوردی را بر گاری انداختیم. من گاری را با تمام قدرت هل می‌دادم تا به‌سرعت لاجوردی را به سر مسجد امام برسانم تا اورژانس بتواند او را به بیمارستان منتقل کند. در آن چنددقیقه استرس عجیبی داشتم، زیرا به این فکر می‌کردم که ممکن است دیگر نیروهای تروریست به سمت ما تیراندازی کنند. به‌هرحال مرحوم لاجوردی را با چنین وضعیتی به حیاط مسجد امام رساندیم و الباقی ماجرا را هم که می‌دانید که متأسفانه او جان باخت».